Загальне керівництво Службою зовнішньої розвідки України здійснюється Президентом України. Безпосереднє керівництво Службою зовнішньої розвідки України здійснює її Голова, який призначається на посаду і звільняється з посади Президентом України.
Президентський контроль реалізується через функцію управління Главою держави Службою зовнішньої розвідки України, призначення її керівників, постановку завдань та підзвітність СЗР України щодо їх виконання, а також контроль за повсякденною діяльністю розвідки через Раду національної безпеки і оборони України.
Верховною Радою України здійснюється парламентський контроль за діяльністю Служби зовнішньої розвідки України в порядку, встановленому Конституцією України, Законом України «Про демократичний цивільний контроль над Воєнною організацією і правоохоронними органами держави».
Парламентський контроль сконцентровано у праві на прийняття законів, які визначають правові засади діяльності розвідувальних органів, їх повноваження й завдання, доступні засоби для виконання, а також бюджет Служби зовнішньої розвідки України, що дозволяє Верховній Раді визначати масштаби фінансування та з‘ясувати, на які потреби спрямовуються державні кошти.
Постійний контроль за діяльністю Служби зовнішньої розвідки України здійснює Комітет Верховної Ради з питань національної безпеки та оборони. В практику впроваджено звіт Служби зовнішньої розвідки України про основні результати роботи, дотримання чинного законодавства, прав і свобод громадян. Ці та інші поточні питання обговорюються (заслуховуються) на засіданнях Комітету, члени якого також беруть участь у роботі колегії СЗР України.
Контроль за витратою коштів Державного бюджету України на утримання Служби зовнішньої розвідки України здійснює Рахункова палата України.
Нагляд за додержанням Службою зовнішньої розвідки України законів України здійснюється Генеральним прокурором України і уповноваженими ним прокурорами.
Прийнятий Верховною Радою України Закон «Про демократичний цивільний контроль над Воєнною організацією і правоохоронними органами держави» створює правові умови впливу на забезпечення максимально можливої відкритості у діяльності держави в питаннях гарантування національної безпеки та оборони. Закон також передбачає цивільний контроль за діяльністю Служби зовнішньої розвідки України, який здійснюють громадяни України через громадські організації, членами яких вони є, через депутатів представницьких органів влади і особисто шляхом звернення до Уповноваженого Верховної Ради України з прав людини та його представника у справах захисту прав військовослужбовців або до іншого державного органу в порядку, визначеному Конституцією України та Законом України «Про звернення громадян».
Наявність подібного розподілу повноважень відповідає демократичним зразкам, наближена до основних принципів контролю за діяльністю розвідки відповідно до європейських норм.